Sekolah Tinggi Pendidikan Agama Katolik (STPAK) St. Yohanes Penginjil Ambon merupakan satu-satunya Sekolah Tinggi pendidikan keagamaan Katolik yang berada di Provinsi Maluku. Bangunan kampus STPAK dengan tiga lantai terletak persis di tepi pantai teluk Ambon dengan alamat Jl. Pakatora Pohon Mangga Kole-kole Pante, RT. 001, RW.06 Poka Rumah Tiga, Kecamatan Rumah Tiga, Kabupaten Kota Ambon, Provinsi Maluku. Dengan panorama alam, terutama indahnya pesona teluk Ambon menjadikan lingkungan kampus sungguh nyaman dan indah.

Sekilas mengenai sejarah pembentukannya, STPAK St. Yohanes Penginjil Ambon mulai dirintis pendiriannya sejak Oktober 2005 yang dimotori oleh Komisi Kateketik Keuskupan Amboina. Dengan pelbagai upaya persiapan maka pada tanggal 25 Maret 2006 bapak Uskup Amboina Mgr. Petrus Canisius Mandagi, MSC memberikan rekomendasi sebagai restu pendirian STPAK St. Yohanes Penginjil di Ambon yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Uskup Diosis Amboina Nomor 01.011-KA/PCM/III/2006. Dengan rekomendasi tersebut, panitia pendiri mengajukan permohonan izin operasional ke Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama Republik Indonesia di Jakarta. 

Pada tanggal  12  Juli  2006  Ditjen  Bimas  Katolik Kementerian Agama RI menyetujui pendirian STPAM yang ditetapkan melalui Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakata Katolik Kementerian Agam Republik Indonesia Nomor DJ.IV/HL/00.5/98/2006 tentang pemberian izin opeasional Sekolah Tinggi Pendidikan Agama Katolik Santo Yohanes Penginjil Ambon Keuskupan Amboina, Provinsi Maluku dengan Program Studi Pendidikan Agama Katolik, Jurusan Pastoral Kateketik. Proses penerimaan calon mahasiswa baru (angkatan I) dilaksanakan pada periode tahun akademik 2006/2007 dan pembukaan proses perkuliahan dilaksanakan pada tanggal 20 Agustus 2006. Sedangkan bangunan kampus STPAK Ambon sendiri baru diberkati dan diresmikan pada tanggal 16 oktober 2011 oleh Duta Besar Vatikan untuk Indonesia (Antonio Guido Filipaszzi) dan Gubernur Provinsi Maluku K.A. Ralahalu.